Con el portón trasero eléctrico opcional, el maletero puede abrirse y cerrarse pulsando un botón o utilizando un botón de la llave. También se puede abrir mediante el pedal virtual acercando el pie al sensor del parachoques trasero, lo que hará que se abra automáticamente.

La cubierta retráctil automática cubre perfectamente cualquier cosa que lleves en el maletero. Su principal ventaja queda patente al meter o sacar algo del maletero. Al abrir el portón trasero, la cubierta retrocede automáticamente un nivel.

Al típico estilo Škoda, el maletero del Škoda Enyaq ofrece unas funcionalidades enormemente prácticas. Los objetos se pueden sujetar en el maletero mediante fijaciones de carga. Solo tienes que situar, por ejemplo, las cajas o las bolsas de la compra entre las fijaciones y ya no se moverán. Las fijaciones de carga se pueden plegar y guardar en un lateral del maletero.

La gran variabilidad y usos del maletero del Enyaq también se benefician de los robustos ganchos situados en los laterales. Han sido diseñados para colgar objetos o equipaje que, de otro modo, serían inestables o no cabrían en el suelo del maletero.